Как каждая хирургическая операция, шунтирование несет в себе определенный риск и возможность осложнений, о чем важно знать, принимая решение об операции. Чтобы снизить возможность их возникновения, важно сообщить оперирующему врачу и анестезиологу максимум информации, с тем, чтобы они смогли подобрать оптимальный способ лечения и предупредить все возможные проблемы.

Операция шунтирования, когда она является не срочной, а плановой, представляет собой вполне безопасную процедуру. Риск смертельного исхода минимален и не превышает 1%. В то же время, риск операции включает сердечный приступ (до 5% случаев), повреждения сердечной мышцы, кровоизлияние в мозг, кровотечение, инфицирование.

Люди с острой левожелудочковой недостаточностью; перенесшие инфаркт миокарда с поражением сердечной мышцы; больные, страдающие от проблем сердца и кровеносных сосудов; пациенты с хронической эмфиземой легких (COPD) - относятся к группе наиболее высокого риска.
 
Дополнительные осложнения связаны с присоединением к аппарату искусственного сердца и легких: кровоизлияния в мозг (вследствие эмболии кровеносных сосудов), нарушения свертываемости крови, почечная недостаточность, множественные воспалительные реакции и снижение когнитивных функций - таких, как память, концентрация внимания, понимание услышанного и ориентация в пространстве.
 
Риск, связанный с наркозом, включает закупорку дыхательных путей, внезапное падение артериального давления и пульса и повреждение трахеи и голосовых связок при введении трубки в дыхательное горло.
 
В очень редких случаях проявляется аллергическая реакция на наркотизирующие препараты.
Эта опасность отсутствует у тех, кто уже сталкивался с получением общего наркоза.